本病的临床表现依患者的感染方式、年龄、免疫状态以及合并症不同而各异。
1、先天性感染
受感染的胎儿除流产、死产外，活婴中约有5%表现为典型全身CID，即多系统、多脏器受累。另有5%表现为非典型的临床表现，其余90%均呈亚临床型。新生儿CID的特征是单核-巨噬细胞系统和中枢神经系统受侵犯，如小于胎龄儿、小头畸形、黄疸、肝脾肿大、皮肤淤斑、脑积水、脑组织钙化等。有研究发现孕早期HCMV原发感染对胎儿神经系统的损害较孕中期和孕晚期再发性感染及继发性感染者重。
2、围生期感染
主要通过分娩时的产道感染或经宫颈逆行感染及产后喂乳感染等，出生时多无感染症状，2～4个月后发病，多为亚临床型，以呼吸道和消化道系统症状为主，如刺激样咳嗽（呈百日咳样）、气促、发绀、间质性肺炎表现，黄疸、肝脾肿大、血小板减少性紫癜，本病的病死率可达30%，肺炎合并呼吸衰竭为主要的直接死因。
